Начинается Юрюзань на восточном склоне горы Угловой Машак, одного из самых высоких южно-уральских хребтов, Машак на высоте 964 м. над уровнем моря. Сначала Юрюзань течёт на северо-восток по узкой горной долине между хребтами Машак и Кумардак, по урочищу Юрюзанская долина. Далее, выйдя из горной теснины Юрюзань течёт между хребтами Бакты и Зигальга. В среднем течении Юрюзань выходит из гор на равнину. В нижнем течении, прорезая толщу уфимского плато, река впадает в залив Павловского водохранилища на реке Уфа.

